菲律宾有大小政党100余个，大多数为地方性小党。主要政党有：

　　（1）基督教穆斯林民主力量党（LAKAS-CMD）：执政党，也是最大政党，系前总统拉莫斯于1991年底创立，由人民力量党、全国基督教民主联盟、菲律宾穆斯林民主联盟、团结党等整合而成。主张实行两党制，通过修宪扩大地方政府权力，改革选举制度，将总统任期六年一届修改为四年一届，可连任两届；主张通过谈判实现民族和解，促进社会稳定。经济上重视农业发展，增加就业，扶助贫困，加快私有化进程；倡导经济外交，奉行开放政策。1992年该党在大选中获胜，成为执政党。1998年大选中败于菲律宾民众奋斗党联盟。2001年阿罗约就任总统后，该党成为执政联盟的核心。2002年10月，该党针对2004年大选，对执政联盟进行再次整合改组。该党全国主席是阿罗约总统，总裁是众议长德贝内西亚。

　　（2）民族主义人民联盟（NPC-Nationalist People's Coalition），是前总统埃斯特拉达的执政党联盟-民众奋斗党（LAMP）成员之一。2000年10月，埃被弹劾后，该党成为独立党派。现为众议院第二大党。该党支持修改宪法。为防止总统权力过大，主张实行议会制政体及实行两党制，支持加快国有企业私有化。该党总裁是前众议员圣胡安（Frisco F. SAN JUAN）。

　　（3）摩洛民族解放阵线（Moro National Liberation Front，简称摩解）：南部穆斯林武装组织。1968年创立，旨在棉兰老地区建立独立的伊斯兰国家。1987年南部各省举行公投，建立由棉兰老岛四省组成的"棉兰老穆斯林自治区"（ARMM），密苏阿里任主席。1996年，政府与摩解达成和平协议。2001年，密苏阿里与阿罗约政府发生利益冲突，其支持者于11月在霍洛岛发动武装叛乱。政府迅速平叛，宣布密犯有叛乱罪。摩解另一派系的领导人胡安任该党主席。密潜逃至马来西亚沙巴，被马政府逮捕并于2002年1月引渡回菲。

　　（4）摩洛伊斯兰解放阵线（Moro Islamic Liberation Front，简称摩伊解）：菲最大的穆斯林反政府组织。现有武装力量12500人，主要活跃在棉兰老岛。1978年，以哈希姆·萨拉马（Hashim SALAMAT）为首的强硬派从摩解脱离后建立。2003年萨马拉特去世后，穆拉特（Al Haj Ebrahim MURAD）任主席。主张建立独立的伊斯兰国家，坚持武装斗争。摩伊解与政府虽多次签署停火协议，但均未能得到有效执行。2000年4月摩伊解与政府冲突升级为"全面战争"，摩伊解的营地被政府军全部攻占，其武装力量溃散后，继续以小股武装袭击政府军和民用设施。自2001年开始，阿罗约政府与摩伊解重开和谈，并曾签署停火协议与和平协议，但双方武装冲突仍时有发生。2003年，南部地区发生多起恐怖爆炸案件，政府认为是摩伊解所为，宣布通缉其主要领导人，威胁要将摩伊解列为恐怖组织。此后，在马来西亚协调下，双方进行多次非正式会谈，迄无明显进展。

　　（5）菲律宾共产党（Communist Party of the Philippines）：成立于1930年，1967年发生分裂。1968年，在何塞·西逊（Jose SISON）主持下进行改组重建，此后发展迅速，20世纪80年代中期党员达到3万多人。主张通过武装斗争和建立统一战线，夺取国家政权。1969年，菲共在中吕宋建立新人民军，开展武装斗争。新人民军现有1.1万人。菲政府自1993年起与菲共举行和谈，使菲共成为合法政党。双方时谈时战，迄未达成实质性和平协议。"9·11事件"后，菲政府对新人民军采取了强硬措施，包括军事打击。2002年，菲政府将新人民军宣布为恐怖组织，并促使美国和欧盟也将新人民军列为国际恐怖组织，冻结其海外资产。菲共与政府关系破裂，双方和谈停顿。2003年底，菲政府与菲共领导的全国民主阵线在挪威奥斯陆进行两次非正式接触，并于2004年2月重启和谈。菲共提出希望菲政府敦促美政府将其从恐怖组织中除名。美方明确拒绝，并要求菲共先承诺停止一切恐怖活动。

　　其它政党有自由党（Liberal Party）、民主行动党（Aksyon Demokratiko）、地方发展优先党（Promdi-Probinsiya Muna Development lnitiative）、改革党（Reporma）、民主战斗党（LDP-Lanban ng Demokratikong Pilipino）、民族党（Nationalista Party）等。